Зоопланктон, также как и фитопланктон отличается по своему составу в зависимости от среды обитания. Пресноводный зоопланктон включает в себя коловраток, рачков, личинок. Самыми многочисленными в пресноводном зоопланктоне являются веслоногие и ветвистоусые рачки.
В морском зоопланктоне наблюдается довольно значительное количество мелких ракообразных, одноклеточных, кишечнополостных крылоногих моллюсков. Кроме этого разнообразия в зоопланктоне присутствуют личинки рыб, яйца, личинки беспозвоночных животных. В число простейших входит инфузории тинтинниды, радиолярии фораминиферы и другие одноклеточные. Из кишечнополостных в зоопланктоне можно обнаружить гребневиков, мелких медуз, сифонофор. Самое большое разнообразие животных в зоопланктоне обитает в южных морях. Планктон отличается не только по своему составу, но и по размерам.
Самый маленький планктон называется наннопланктон. В него входят самые мелкие животные: бактерии и одноклеточные. В микропланктон входят животные, размеры которых немного превышают размеры наннопланктона. Дальше, по возрастанию идет мезапланктон, макропланктон и мегапланктон. В мегапланктон входят наиболее крупные животные и водоросли.
